Systemem operacyjnym Motorola Q9 jest Windows Mobile 6.0 Standard, który pozwala na rozpakowywanie plików ZIP i obsługę załączników do wiadomości e-mail. W modelu Moto znajdziemy synchronizację: ActiveSync® z Microsoft® Exchange Server 2003 i Windows Mobile Device Center. Inne ciekawe funkcje to wyświetlanie plików PDF, wyświetlanie lub edycja plików programów Microsoft WordTM, Microsoft PowerPoint i Microsoft® ExcelTM; oraz zarządzanie informacjami osobistymi przy użyciu programu Outlook Mobile (funkcje skrzynki odbiorczej, kontaktów, kalendarza i zadań). Korzystanie z programów ułatwi klawiatura qwerty.